Operasjonen innebærer at tykktarm og endetarm fjernes. Av nederste del av tynntarmen konstrueres et reservoar som syes ned til endetarmsåpningen hvor lukkemuskelen er intakt (se figur 6).

Operasjonen foretas i opptil tre etapper over flere måneder. Ved første operasjon anlegges som regel en midlertidig stomi.

Den første tiden etter at reservoaret er tatt i bruk må den opererte regne med nokså hyppige toalettbesøk. Når kroppen har stabilisert seg er tømmingsfrekvensen 4–6 avføringer pr. døgn. For enkelte blir lukkefunksjonen ikke helt tilfredsstillende, noe som kan føre til at det siver ut noe avføring. Dette kan gjøre det nødvendig å benytte for eksempel truseinnlegg. Problemene kan reduseres med riktig kosthold. Er ikke dette tilstrekkelig, finnes det medikamenter som demper tarmaktiviteten.

Livet med IAA er ikke alltid problemfritt, men de fleste opplever forbedret livskvalitet i forhold til stomi og at problemene blir mindre etter hvert.

Midlertidig stomi
De fleste pasienter som får operert inn et bekkenreservoar, får anlagt en midlertidig stomi. Denne stomien skal avlaste det nyopererte reservoaret i ca. tre til fire måneder. Stomien må stelles på samme måte som en vanlig stomi. Slurver man med utstyr eller stell, kan huden lett bli sår, og operasjonen hvor man skal legge stomien tilbake, må kanskje utsettes.

Det er viktig at pasienten bruker de tre månedene mellom operasjonene til å komme i god form, både fysisk og psykisk. Å komme seg ut og være sosial, spise vanlig mat og ta del i dagliglivet er viktig.

Knipeøvelser som vedlikeholder funksjonen av lukkemuskelen kan være av betydning, og anbefales.